Наследственная линия
Вариант присутствует в организме и может иметь значение для семьи: BRCA1/2, MMR, APC, TP53, RET и другие.
Материал: обычно кровь/слюнаОНКОЛОГИЯ / МОДУЛЬ 0.8
Мутация — не назначение. Но иногда она меняет разговор о лечении.
Практический атлас наследственного риска, опухолевых биомаркеров и показателей качества молекулярного исследования. Без дозировок и автоматических решений.
РОССИЙСКИЙ МАРШРУТ
Куда обратиться за молекулярно-генетическим исследованием.
При установленном онкологическом диагнозе необходимость и объём исследования сначала обсуждают с лечащим онкологом. В качестве профильного российского маршрута проект рекомендует рассмотреть группу молекулярно-генетических методов и Научную лабораторию молекулярной онкологии НМИЦ онкологии им. Н. Н. Петрова.
Это редакционный маршрут, а не гарантия, направление, платное размещение или утверждение, что это единственная подходящая лаборатория. Доступность, документы, стоимость и перечень исследований проверяйте у центра.
00 / РЕДАКЦИОННАЯ СВЯЗЬ
Предложить тест или задать вопрос.
Форма ничего не загружает на сайт: после проверки полей откроется готовое письмо в вашей почтовой программе. Не присылайте диагноз, результат анализа, генетические варианты, медицинские документы или данные другого человека.
01Предложить свой тест+
02Задать вопрос+
Письмо будет адресовано help@mika.help. До отправки его можно проверить и изменить в своей почтовой программе.
КЛИНИЧЕСКИЙ ГЕЙТТолько для подготовки обсуждения с врачом
Матрица ниже не учитывает диагноз целиком, стадию, морфологию, предыдущие линии, противопоказания и регистрацию препарата в конкретной стране. Она не назначает и не отменяет лечение.
Проверить точную связку →Геном опухоли
Приобретённые драйверы, механизмы резистентности, MSI/TMB/HRD и слияния помогают обсуждать конкретные терапевтические стратегии.
Материал: ткань или ctDNAТоксичность терапии
Герминальная фармакогенетика, например DPYD, оценивает риск нежелательных реакций, а не чувствительность опухоли.
Решение: врач + мониторинг01 / БИОМАРКЕР → РЕШЕНИЕ
Не список препаратов. Карта проверяемых клинических связок.
Сейчас в карте 43 клинических связок: драйверные варианты, слияния, сигнатуры, наследственные и фармакогенетические находки, а также несколько обязательных белковых/эпигенетических биомаркеров. Это расширенная, но не исчерпывающая карта. Откройте строку, чтобы увидеть метод, поля отчёта, клиническую роль и главное ограничение.
43связок
01Немелкоклеточный рак лёгкогоEGFRРегуляторно подтверждённый предиктивный биомаркер+
Что ищут
Активирующая мутация: прежде всего делеция экзона 19 или p.L858R; другие варианты разбирают отдельно.
Материал и метод
Опухолевая ткань; плазма ctDNA, если ткань недоступна или время критично. Валидированный PCR/NGS с заявленным перечнем вариантов и пределом обнаружения.
Что должно быть в отчёте
HGVS-вариант, экзон, VAF, покрытие/качество, тип образца и чувствительность метода.
Что может обсуждать врач
EGFR-направленная терапия в определённых стадиях и линиях; конкретный препарат выбирают по актуальной инструкции и клиническому контексту.
Критическое ограничение
Отрицательная плазма не исключает мутацию: при возможности нужен рефлекс на ткань. Экзон 20 и мутации резистентности — отдельные сценарии.
02Немелкоклеточный рак лёгкогоALK fusionВысокая для подтверждённого ALK-слияния+
Что ищут
Функциональное слияние ALK, обычно с сохранённым киназным доменом.
Материал и метод
Ткань предпочтительна; цитология возможна после валидации. Валидированная ALK-IHC, FISH или RNA/DNA-NGS в согласованном алгоритме; RNA-NGS помогает охарактеризовать экспрессируемое слияние.
Что должно быть в отчёте
Название слияния (например, EML4::ALK); гены-партнёры и экзоны/точки разрыва — если метод их определяет; рамка считывания, сохранённый киназный домен, поддерживающие чтения, QC и необходимость подтверждения.
Что может обсуждать врач
ALK-направленная терапия в определённой стадии и линии.
Критическое ограничение
Необычное NGS-перестроение без доказательств экспрессии может требовать RNA-подтверждения; методы имеют разные причины ложных результатов.
03Немелкоклеточный рак лёгкогоKRAS p.G12CВысокая для точного аллеля+
Что ищут
Конкретная активирующая замена KRAS p.G12C; другие аллели KRAS относятся к другим клиническим связкам.
Материал и метод
Опухолевая ткань; плазма допустима для ряда валидированных тестов. Валидированный PCR или DNA-NGS с точной аллельной идентификацией.
Что должно быть в отчёте
HGVS, VAF, опухолевая доля, LoD, QC и сопутствующие драйверы.
Что может обсуждать врач
KRAS G12C-направленная стратегия в рамках соответствующей линии и инструкции.
Критическое ограничение
Результат p.G12D, p.G12V или «KRAS mutation» не является положительным результатом этой связки.
04Немелкоклеточный рак лёгкогоROS1 fusionВысокая для подтверждённого слияния+
Что ищут
Онкогенное ROS1-слияние с сохранённым киназным доменом.
Материал и метод
Опухолевая ткань; валидированная плазма возможна при достаточной опухолевой фракции. RNA-NGS предпочтителен для широкого поиска; ROS1-IHC может быть скринингом с молекулярным подтверждением.
Что должно быть в отчёте
Название слияния, партнёр/точки разрыва если определяются, рамка, киназный домен, поддерживающие чтения и QC.
Что может обсуждать врач
ROS1-направленная терапия в определённой стадии и линии.
Критическое ограничение
ROS1-IHC не является окончательным положительным результатом во всех алгоритмах; необычное слияние требует проверки функциональности по структуре и RNA.
05Немелкоклеточный рак лёгкогоRET fusionВысокая для подтверждённого слияния+
Что ищут
Онкогенное RET-слияние; RET-мутация, амплификация и экспрессия — не эквиваленты.
Материал и метод
Опухолевая ткань; валидированная плазма допустима в определённом сценарии. RNA-NGS предпочтителен для экспрессируемых слияний; DNA-NGS может требовать RNA-рефлекса.
Что должно быть в отчёте
Название слияния, партнёр и точки разрыва если определяются, рамка, киназный домен, поддерживающие чтения и QC.
Что может обсуждать врач
Селективная RET-направленная терапия в рамках точного показания.
Критическое ограничение
Редкое DNA-перестроение без подтверждённой экспрессии может быть неинформативным.
06Немелкоклеточный рак лёгкогоNTRK1/2/3 fusionВысокая для подтверждённого функционального слияния+
Что ищут
Функциональное NTRK-слияние, а не точечный вариант или только экспрессия TRK.
Материал и метод
Опухолевая ткань. RNA-NGS предпочтителен; пан-TRK IHC может использоваться как скрининг с молекулярным подтверждением.
Что должно быть в отчёте
Точное слияние, рамка, сохранённый киназный домен, поддерживающие чтения, QC и подтверждение необычной находки.
Что может обсуждать врач
TRK-направленная терапия в установленном органоспецифичном или опухоль-независимом сценарии.
Критическое ограничение
Редкость увеличивает цену ложноположительного результата; RNA-качество критично.
07Немелкоклеточный рак лёгкогоMET exon 14 skippingВысокая для подтверждённого skipping+
Что ищут
Вариант, приводящий к пропуску экзона 14 MET, или подтверждённый RNA-транскрипт со skipping.
Материал и метод
Опухолевая ткань; валидированная плазма возможна. Splice-aware DNA-NGS и/или RNA-NGS; дизайн должен охватывать разнообразные границы intron/exon.
Что должно быть в отчёте
HGVS и предполагаемый splice-эффект, RNA-подтверждение если выполнялось, VAF, покрытие границ, QC и LoD.
Что может обсуждать врач
MET-направленная терапия в определённой линии.
Критическое ограничение
MET-амплификация и MET exon 14 skipping — разные биомаркеры; не каждый intronic-вариант нарушает splicing.
08Немелкоклеточный рак лёгкогоBRAF p.V600EВысокая для точного аллеля+
Что ищут
Конкретная активирующая мутация BRAF p.V600E.
Материал и метод
Опухолевая ткань или валидированная плазма. PCR или DNA-NGS, точно различающий V600E и другие классы BRAF.
Что должно быть в отчёте
HGVS, VAF, опухолевая доля, чувствительность, QC и сопутствующие драйверы.
Что может обсуждать врач
BRAF/MEK-направленная комбинация в соответствующей стадии и линии.
Критическое ограничение
Не-V600 варианты BRAF имеют другую биологию; алгоритм меланомы нельзя переносить без проверки показания.
09Немелкоклеточный рак лёгкогоERBB2 / HER2 activating mutationВысокая для определённых активирующих мутаций+
Что ищут
Активирующая мутация ERBB2, включая определённые инсерции экзона 20; это не то же самое, что HER2-IHC или амплификация.
Материал и метод
Опухолевая ткань; валидированная плазма возможна. DNA-NGS с полным охватом релевантных экзонов и точной аллельной аннотацией.
Что должно быть в отчёте
HGVS, экзон, VAF, функциональный класс, покрытие, QC и отдельный статус амплификации/IHC если исследовались.
Что может обсуждать врач
HER2-направленная стратегия для HER2-mutant NSCLC в рамках точного показания.
Критическое ограничение
ERBB2 VUS, амплификация и HER2-low не являются взаимозаменяемыми положительными результатами.
10Рак молочной железы и часть опухолей ЖКТERBB2 / HER2Стандартный предиктивный биомаркер+
Что ищут
Амплификация ERBB2 и/или сверхэкспрессия белка HER2; HER2-low — отдельная белковая категория, не «слабая мутация».
Материал и метод
Фиксированная опухолевая ткань с контролем преаналитики. IHC с рефлексом ISH/FISH по валидированному алгоритму; NGS-CNV не всегда заменяет стандартный компаньонный тест.
Что должно быть в отчёте
IHC-балл, ISH-соотношение/копийность, гетерогенность, достаточность образца.
Что может обсуждать врач
HER2-направленная терапия; выбор зависит от органа, стадии, предыдущих линий и категории экспрессии.
Критическое ограничение
ERBB2-амплификация, активирующая мутация ERBB2 и HER2-low — не взаимозаменяемые биомаркеры.
11HR-положительный HER2-отрицательный распространённый рак молочной железыPIK3CA · AKT1 · PTEN · ESR1Регуляторно подтверждена для определённых вариантов+
Что ищут
Точное изменение PIK3CA, AKT1, PTEN или ESR1, которое входит в валидированный тест и соответствует конкретному показанию; допустимые варианты различаются между препаратами и юрисдикциями.
Материал и метод
Ткань и/или плазма ctDNA; для ESR1 плазма может отражать приобретённые клоны. Валидированный NGS/PCR; перечень охваченных вариантов должен соответствовать клиническому вопросу.
Что должно быть в отчёте
Точный вариант, VAF, время относительно лечения, отрицательный результат и LoD.
Что может обсуждать врач
Выбор соответствующего таргетного или эндокринного подхода после учёта рецепторного статуса и предшествующей терапии.
Критическое ограничение
Нельзя объединять все изменения пути PI3K–AKT в один положительный результат; одобрения различаются.
12Метастатический колоректальный ракKRAS · NRASВысокая: биомаркер исключения/отбора+
Что ищут
Отсутствие активирующих мутаций в клинически релевантных участках KRAS/NRAS — отрицательный предиктивный биомаркер.
Материал и метод
Опухолевая ткань; плазма возможна в валидированном сценарии. Расширенный RAS-анализ, охватывающий экзоны 2, 3 и 4 обоих генов.
Что должно быть в отчёте
Не просто «wild type»: список покрытых экзонов, чувствительность, опухолевая доля и QC.
Что может обсуждать врач
При RAS wild type может обсуждаться анти-EGFR-подход; локализация первичной опухоли и другие факторы остаются существенными.
Критическое ограничение
Wild type означает «не найдено в пределах этого теста», а не отсутствие всех механизмов резистентности.
13Колоректальный рак; меланома; отдельные солидные опухолиBRAF p.V600EВысокая, но строго опухоль-специфичная+
Что ищут
Конкретная активирующая замена p.V600E; другие классы BRAF имеют иной биологический и клинический смысл.
Материал и метод
Опухолевая ткань или валидированная плазма. PCR или NGS с корректным различением V600E и других вариантов.
Что должно быть в отчёте
HGVS, VAF, QC; для колоректального рака — MMR/MSI и клинический контекст.
Что может обсуждать врач
BRAF-направленная комбинация, различающаяся по типу опухоли; при CRC стратегия не копируется из меланомы.
Критическое ограничение
Одинаковая мутация не гарантирует одинаковую чувствительность в разных органах.
14Колоректальный, эндометриальный и другие солидные опухолиMSI-H / dMMRВысокая: опухоль-специфичные и опухоль-независимые показания+
Что ищут
Высокая микросателлитная нестабильность или дефицит белков mismatch repair MLH1/MSH2/MSH6/PMS2.
Материал и метод
Опухолевая ткань; кровь пациента может быть нормальным контролем для некоторых методов. IHC MMR, PCR-MSI или валидированный NGS-MSI; методы отвечают на близкие, но не идентичные вопросы.
Что должно быть в отчёте
Метод, результат по каждому белку или микросателлитному локусу, внутренние контроли и качество; согласованность — только если применяли несколько методов; показания к герминальному маршруту.
Что может обсуждать врач
Иммунотерапия в определённых стадиях/линиях; одновременно оценка вероятности синдрома Линча.
Критическое ограничение
Терапевтический статус dMMR/MSI-H не равен диагнозу синдрома Линча; возможны спорадические механизмы.
15Рак яичников; также отдельные опухоли молочной железы, поджелудочной и простатыBRCA1 · BRCA2 · HRD/HRRВысокая для определённых тестов и показаний+
Что ищут
Патогенный BRCA1/2-вариант в опухоли или герминальной линии; HRD — отдельный композитный результат валидированного теста.
Материал и метод
Опухоль плюс отдельный герминальный образец при показаниях. NGS с CNV для BRCA1/2; валидированный HRD-тест с указанным алгоритмом и порогом.
Что должно быть в отчёте
Точный вариант и его класс; происхождение — только если соматический или герминальный статус отдельно подтверждён. Для композитного HRD-теста — название, версия алгоритма, компоненты, числовой результат, порог и QC.
Что может обсуждать врач
PARP-направленная стратегия в рамках конкретного органа, стадии, ответа на предшествующую терапию и регуляторной инструкции.
Критическое ограничение
«Любая мутация HRR» и «HRD-положительно» не взаимозаменяемы; VUS не является положительным BRCA-биомаркером.
16Солидные опухоли разных органовNTRK1 · NTRK2 · NTRK3Высокая для подтверждённых функциональных слияний+
Что ищут
Онкогенное слияние NTRK, а не точечный вариант или просто повышенная экспрессия TRK.
Материал и метод
Опухолевая ткань. RNA-NGS предпочтителен для широкого поиска; пан-TRK IHC может быть скринингом с молекулярным подтверждением.
Что должно быть в отчёте
Точное название слияния; партнёры и точки разрыва — если их определяет метод; рамка считывания, RNA-экспрессия при её исследовании, поддерживающие чтения, QC и способ подтверждения необычной находки.
Что может обсуждать врач
TRK-ингибитор в опухоль-независимом показании при отсутствии удовлетворительных альтернатив и с учётом инструкции.
Критическое ограничение
Редкость находки увеличивает цену ложноположительного результата; необычные слияния требуют подтверждения.
17Внутрипечёночная холангиокарциномаFGFR2 · IDH1Высокая для определённых изменений+
Что ищут
FGFR2-слияние/перестройка или определённая мутация IDH1.
Материал и метод
Опухолевая ткань; плазма в валидированном контексте. RNA-NGS усиливает поиск экспрессируемых слияний FGFR2; DNA-NGS выявляет IDH1-замены и может находить часть перестроек FGFR2. Комбинацию выбирают по дизайну валидированного теста.
Что должно быть в отчёте
Для FGFR2 — партнёр и рамка; для IDH1 — точный кодон/вариант; QC и VAF.
Что может обсуждать врач
FGFR- или IDH1-направленная терапия после учёта линии и действующей регистрации.
Критическое ограничение
Не каждое изменение FGFR2 чувствительно; устойчивость и последующие мутации требуют отдельного разбора.
18Любая опухоль, где рассматриваются фторпиримидиныDPYD / DPDКлиническая фармакогенетика+
Что ищут
Герминальный генотип сниженной функции и/или фенотип дефицита DPD.
Материал и метод
Кровь/буккальный образец для генотипа; плазма для фенотипирования по локальному протоколу. Валидированная панель клинически значимых вариантов и/или фенотипирование; охват различается между популяциями.
Что должно быть в отчёте
Аллели, activity score/фенотип, ограничения панели и клиническая рекомендация без самостоятельной смены дозы.
Что может обсуждать врач
Врач может изменить стартовую стратегию или выбрать альтернативу; последующий мониторинг обязателен.
Критическое ограничение
Нормальный результат ограниченной панели не исключает тяжёлую токсичность; это не опухолевый биомаркер ответа.
19Немелкоклеточный рак лёгкогоEGFR exon 20 insertionВысокая для определённых вариантов и показаний+
Что ищут
Инсерция в экзоне 20 EGFR с точным описанием варианта; это отдельный клинический класс, не эквивалентный классическим sensitizing-вариантам.
Материал и метод
Опухолевая ткань; валидированная плазма ctDNA допустима в определённых сценариях. NGS или валидированный PCR, способный видеть разнообразные инсерции экзона 20.
Что должно быть в отчёте
HGVS, длина и локализация инсерции, VAF, покрытие экзона, LoD и тип образца.
Что может обсуждать врач
Специальная EGFR-направленная стратегия в рамках точного показания и актуальной регистрации.
Критическое ограничение
Результат нельзя интерпретировать по алгоритму для делеции экзона 19 или p.L858R.
20Немелкоклеточный рак лёгкогоPD-L1 / TPSСтандартный белковый предиктивный биомаркер+
Что ищут
Доля опухолевых клеток с мембранной экспрессией PD-L1 по валидированному IHC-тесту; это белковый, а не генетический биомаркер.
Материал и метод
Репрезентативная опухолевая ткань или валидированный цитологический материал. Компаньонный или клинически валидированный IHC-клон и система подсчёта TPS.
Что должно быть в отчёте
Клон антитела, платформа, TPS в процентах, число жизнеспособных клеток, гетерогенность и QC.
Что может обсуждать врач
Иммунотерапевтическая стратегия с учётом стадии, драйверных мутаций, схемы и порога конкретного показания.
Критическое ограничение
Порог и значение PD-L1 зависят от препарата и схемы; отрицательный результат не исключает все варианты иммунотерапии.
21Распространённый рак молочной железыHER2-low / HER2-ultralowКлинически применимая IHC-категория+
Что ищут
Низкая или крайне низкая мембранная экспрессия HER2 по определённым IHC-критериям при отсутствии HER2-положительного статуса; это категория белка, не мутация.
Материал и метод
Актуальная репрезентативная опухолевая ткань, предпочтительно из релевантного очага. Валидированная HER2-IHC с рефлексом ISH для пограничных категорий по действующему алгоритму.
Что должно быть в отчёте
IHC-балл, интенсивность и полнота окрашивания, доля клеток, ISH при необходимости, образец и дата.
Что может обсуждать врач
HER2-направленный конъюгат в определённой линии и категории экспрессии.
Критическое ограничение
Категория чувствительна к преаналитике, наблюдателю и изменению экспрессии между очагами и во времени.
22HER2-отрицательный рак молочной железы при клинических показанияхgBRCA1 · gBRCA2Высокая: терапия плюс наследственный риск+
Что ищут
Патогенный или вероятно патогенный герминальный вариант BRCA1/2; VUS не считается положительным результатом.
Материал и метод
Отдельный образец крови/слюны с подтверждением герминального происхождения. NGS полного кодирующего региона и splice-зон плюс анализ крупных делеций/дупликаций.
Что должно быть в отчёте
HGVS, классификация по ACMG/AMP, транскрипт, метод, охват CNV и рекомендация генетического консультирования.
Что может обсуждать врач
Системная стратегия в определённой стадии; отдельно — наследственный риск и маршрутизация родственников.
Критическое ограничение
Опухолевый BRCA-вариант не доказывает герминальное происхождение; отрицательный тест не исключает весь наследственный риск.
23Тройной негативный рак молочной железыPD-L1 / CPSВысокая в определённом показании+
Что ищут
Экспрессия PD-L1 с расчётом CPS по требуемому валидированному IHC-тесту; это белковый биомаркер.
Материал и метод
Репрезентативная ткань опухоли с достаточным числом жизнеспособных клеток. Показание-специфичный IHC-клон, платформа и алгоритм CPS.
Что должно быть в отчёте
Клон, платформа, CPS, достаточность, внутренние контроли, исследованный очаг и дата.
Что может обсуждать врач
Иммунотерапия в конкретной стадии и комбинации при соблюдении установленного порога.
Критическое ограничение
Нельзя переносить порог TPS из рака лёгкого или результат другого клона без доказанной взаимозаменяемости.
24Метастатический колоректальный ракERBB2 / HER2 amplificationВысокая в отобранной группе+
Что ищут
Высокоуровневая амплификация ERBB2 и/или HER2-положительный статус по валидированному алгоритму в релевантном молекулярном контексте.
Материал и метод
Опухолевая ткань; плазма может служить дополнительным методом в валидированном сценарии. IHC/ISH и/или валидированный NGS-CNV с опухоль-специфичными порогами.
Что должно быть в отчёте
IHC/ISH-параметры или копийность, чистота опухоли, гетерогенность, RAS/BRAF-контекст и QC.
Что может обсуждать врач
HER2-направленная комбинация после учёта предшествующей терапии и точного показания.
Критическое ограничение
Критерии HER2-положительности для молочной железы нельзя автоматически переносить на CRC.
25Метастатический колоректальный ракKRAS p.G12CРегуляторно подтверждена для точного аллеля+
Что ищут
Конкретная замена KRAS p.G12C; другие варианты KRAS не эквивалентны.
Материал и метод
Опухолевая ткань или валидированная плазма ctDNA. PCR или NGS с достаточной чувствительностью и точной аллельной идентификацией.
Что должно быть в отчёте
HGVS, VAF, LoD, опухолевая доля и сопутствующие драйверные находки.
Что может обсуждать врач
KRAS G12C-направленная комбинация, специфичная для CRC и линии терапии.
Критическое ограничение
Монотерапевтический подход из другой опухоли нельзя механически переносить на CRC.
26Аденокарцинома желудка или гастроэзофагеального переходаERBB2 / HER2Стандартный предиктивный биомаркер+
Что ищут
HER2-сверхэкспрессия и/или амплификация по гастроэзофагеальному алгоритму.
Материал и метод
Несколько репрезентативных фрагментов опухоли из-за частой гетерогенности. IHC с рефлексом ISH по органоспецифичным критериям.
Что должно быть в отчёте
IHC-балл, паттерн окрашивания, ISH, число оценённых блоков/фрагментов и гетерогенность.
Что может обсуждать врач
HER2-направленная стратегия в соответствующей линии; последующее тестирование может потребоваться при смене контекста.
Критическое ограничение
Критерии оценки отличаются от рака молочной железы; отрицательный маленький биоптат может быть нерепрезентативным.
27HER2-отрицательная аденокарцинома желудка или гастроэзофагеального переходаCLDN18.2Высокая для валидированного IHC-порога+
Что ищут
Мембранная экспрессия CLDN18.2 выше показание-специфичного порога; это белковый IHC-биомаркер, а не вариант гена CLDN18.
Материал и метод
Репрезентативная опухолевая ткань. Требуемый валидированный IHC-тест с установленным алгоритмом подсчёта.
Что должно быть в отчёте
Клон/набор, платформа, процент клеток и интенсивность мембранного окрашивания, порог, достаточность и QC.
Что может обсуждать врач
CLDN18.2-направленная терапия в точной линии и комбинации.
Критическое ограничение
Положительность не определяется по RNA-экспрессии или наличию варианта CLDN18 без валидированной клинической связки.
28Аденокарцинома поджелудочной железыgBRCA1 · gBRCA2 · PALB2Высокая для gBRCA в определённом сценарии+
Что ищут
Патогенный герминальный вариант BRCA1/2; PALB2 имеет важную клиническую роль, но не должен автоматически приравниваться к каждой BRCA-компаньонной связке.
Материал и метод
Кровь/слюна для герминального анализа; опухолевая ткань может дополнять картину. NGS плюс анализ CNV с подтверждением клинически значимой находки.
Что должно быть в отчёте
Точный вариант, класс, происхождение, покрытие CNV, ограничения и маршрут генетического консультирования.
Что может обсуждать врач
Платиновая чувствительность и/или поддерживающая таргетная стратегия в определённом сценарии; семейный риск обсуждается отдельно.
Критическое ограничение
Соматический вариант и герминальный вариант имеют разные семейные последствия; VUS не определяет лечение.
29Гастроинтестинальная стромальная опухольKIT · PDGFRAВысокая и аллель-специфичная+
Что ищут
Драйверный вариант KIT или PDGFRA с точным экзоном и аллелем; отдельные варианты предсказывают чувствительность или первичную резистентность.
Материал и метод
Опухолевая ткань с подтверждённой морфологией GIST. DNA-секвенирование релевантных экзонов; расширение панели при KIT/PDGFRA wild type по клиническому вопросу.
Что должно быть в отчёте
Ген, экзон, HGVS, VAF, покрытие, wild-type границы и вторичные варианты резистентности при рецидиве.
Что может обсуждать врач
Выбор класса и последовательности ингибиторов с учётом точного первичного и вторичного варианта.
Критическое ограничение
Слово «KIT-положительная» по IHC не заменяет генотипирование для терапевтического выбора.
30Рак эндометрияPOLE · MMR · p53 · NSMPДиагностическая и прогностическая классификация+
Что ищут
Интегрированный молекулярный класс: POLEmut, MMRd, p53abn или NSMP с правилами разрешения множественных классификаторов.
Материал и метод
Опухолевая ткань, связанная с морфологическим заключением. POLE-секвенирование патогенных hotspot-вариантов плюс IHC MMR и p53 по валидированному алгоритму.
Что должно быть в отчёте
POLE-вариант и его патогенность, каждый MMR-белок, паттерн p53, итоговый класс, морфология и применённая иерархия.
Что может обсуждать врач
Прогноз, стадирование и интенсивность адъювантной стратегии; MMRd также может иметь предиктивное и наследственное значение.
Критическое ограничение
Не любая мутация POLE создаёт POLEmut-класс; TP53-секвенирование и p53-IHC не полностью взаимозаменяемы.
31Платинорезистентный эпителиальный рак яичников в определённом контекстеFRα / FOLR1Высокая для валидированного IHC-теста+
Что ищут
Высокая мембранная экспрессия фолатного рецептора альфа по показание-специфичному IHC-порогу; это белковый биомаркер.
Материал и метод
Архивная или свежая репрезентативная опухолевая ткань по требованиям валидированного теста. Компаньонный IHC-тест с определённой интенсивностью и долей положительных клеток.
Что должно быть в отчёте
Набор/клон, платформа, процент клеток по требуемой интенсивности, порог, образец и QC.
Что может обсуждать врач
FRα-направленный конъюгат в рамках точного показания и предыдущих линий.
Критическое ограничение
FOLR1-амплификация или RNA-экспрессия не заменяют требуемый IHC-компаньонный тест.
32Метастатический кастрационно-резистентный рак простатыBRCA1 · BRCA2 · HRR panelВысокая для определённых генов и схем+
Что ищут
Патогенное изменение в конкретном гене репарации гомологичной рекомбинации; допустимый набор генов зависит от препарата, теста и юрисдикции.
Материал и метод
Опухолевая ткань и/или валидированная плазма; отдельный герминальный образец при показаниях. DNA-NGS с SNV/indel/CNV; для плазмы важны опухолевая фракция и влияние клонального гемопоэза.
Что должно быть в отчёте
Ген, точный вариант, класс, VAF/копийность, биаллельность если доказана, тип образца, QC и возможная герминальная природа.
Что может обсуждать врач
PARP-направленная стратегия, соответствующая точному гену, комбинации и линии.
Критическое ограничение
Нельзя считать все гены HRR взаимозаменяемыми; величина пользы различается, а VUS не является положительным результатом.
33Распространённый рак простатыMSI-H / dMMRВысокая для подтверждённого MSI-H/dMMR+
Что ищут
MSI-H или потеря функции MMR, подтверждённая валидированным методом.
Материал и метод
Опухолевая ткань; плазма допустима только для валидированного MSI-анализа с достаточной опухолевой фракцией. IHC MMR, PCR-MSI или NGS-MSI с валидированным порогом.
Что должно быть в отчёте
Метод, числовой/категориальный результат, контроль качества, опухолевая доля и показания к герминальной оценке.
Что может обсуждать врач
Иммунотерапия в определённом сценарии и оценка наследственной причины при соответствующих признаках.
Критическое ограничение
Редкость требует строгого QC; отрицательная плазма при низкой опухолевой фракции не исключает MSI-H.
34Местно-распространённый или метастатический уротелиальный ракFGFR3 · FGFR2Высокая для определённых изменений+
Что ищут
Определённая активирующая мутация FGFR3 или подходящее слияние FGFR2/3, входящие в валидированную компаньонную связку.
Материал и метод
Опухолевая ткань; валидированная плазма может дополнять анализ. DNA/RNA-NGS или одобренный таргетный тест с заявленным списком вариантов и слияний.
Что должно быть в отчёте
Точный вариант/слияние, охват, VAF или поддерживающие чтения, QC и соответствие перечню клинически допустимых находок.
Что может обсуждать врач
FGFR-направленная терапия в определённой линии и при соблюдении мониторинга.
Критическое ограничение
Не любое изменение FGFR является активирующим или чувствительным; амплификация не равна допустимой мутации/слиянию.
35Нерезектабельная или метастатическая меланомаBRAF p.V600Стандартный предиктивный биомаркер+
Что ищут
Мутация BRAF в кодоне V600 с точным указанием аллеля, прежде всего V600E или V600K.
Материал и метод
Опухолевая ткань. Валидированный PCR или NGS, различающий аллели V600 и имеющий контролируемый LoD.
Что должно быть в отчёте
HGVS, аллель, VAF, опухолевая доля, чувствительность и QC.
Что может обсуждать врач
Комбинированная BRAF/MEK-направленная стратегия или альтернативный системный подход по клиническому контексту.
Критическое ограничение
Не-V600 варианты BRAF не должны автоматически вести по алгоритму V600; органоспецифичный контекст важен.
36Отдельные мукозальные, акральные и связанные с хроническим солнцем меланомыKITУмеренная, аллель- и подтип-специфичная+
Что ищут
Активирующая мутация KIT в чувствительном функциональном участке; амплификация и редкие VUS имеют иной смысл.
Материал и метод
Опухолевая ткань. DNA-NGS релевантных экзонов с точной аллельной аннотацией.
Что должно быть в отчёте
Ген, экзон, HGVS, VAF, функциональный класс, литература по аллелю и QC.
Что может обсуждать врач
KIT-направленная терапия в тщательно отобранном случае или клиническое исследование.
Критическое ограничение
Доказательная база слабее и более аллель-специфична, чем для BRAF V600; KIT-IHC не заменяет генотип.
37Диффузная глиома взрослого типаIDH1 · IDH2 · 1p/19qОбязательная диагностическая классификация+
Что ищут
IDH-мутационный статус и полная сочетанная делеция 1p/19q для интегрированного диагноза.
Материал и метод
Опухолевая ткань с морфологической оценкой. IDH1 R132H IHC с рефлексом секвенирования при показаниях; метод 1p/19q должен различать полную сочетанную делецию и фокальные потери.
Что должно быть в отчёте
IDH-вариант, способ оценки 1p/19q, интегрированный диагноз, возраст/морфология, QC и дополнительные обязательные маркеры.
Что может обсуждать врач
Классификация опухоли, прогноз и органоспецифичная стратегия; в отдельных ситуациях — IDH-направленная терапия.
Критическое ограничение
Фокальная потеря 1p или 19q не равна полной коделеции; молекулярный результат интерпретируют вместе с морфологией.
38Диффузная глиома, особенно глиобластома IDH-wild typeMGMT promoter methylationПрогностический и предиктивный маркер+
Что ищут
Метилирование промотора MGMT, связанное со снижением экспрессии репарационного фермента; это эпигенетический, не последовательностный вариант.
Материал и метод
Опухолевая ткань с достаточной опухолевой долей. Валидированный количественный или полуколичественный methylation-specific метод с установленной серой зоной.
Что должно быть в отчёте
Метод, исследованные CpG-сайты, числовой результат, порог/серая зона, опухолевая доля и QC.
Что может обсуждать врач
Прогноз и ожидаемая польза от алкилирующей терапии в контексте возраста и общего плана.
Критическое ограничение
Пороги разных методов не взаимозаменяемы; результат не является самостоятельным назначением или противопоказанием.
39Отдельные глиомы и глионейрональные опухолиBRAF p.V600E · BRAF fusionВысокая для BRAF V600E в отдельных опухолях+
Что ищут
Точный класс изменения BRAF: p.V600E или активирующее слияние; эти механизмы нельзя объединять.
Материал и метод
Опухолевая ткань. DNA-NGS для вариантов и RNA-NGS для слияний; IHC V600E может быть скринингом в валидированном алгоритме.
Что должно быть в отчёте
HGVS или название слияния, рамка/киназный домен, VAF/поддерживающие чтения, диагноз и QC.
Что может обсуждать врач
BRAF/MEK-направленная стратегия для V600E в определённом сценарии; слияния требуют другого подхода.
Критическое ограничение
Данные по таргетной терапии в ЦНС не следует переносить из меланомы без органо- и возраст-специфичной оценки.
40Отдельные распространённые солидные опухолиTMB-highРегуляторная связка с существенными ограничениями+
Что ищут
Число соматических мутаций на мегабазу выше валидированного порога конкретного теста и показания.
Материал и метод
Опухолевая ткань с достаточной опухолевой долей; plasma TMB — отдельная метрика. Валидированная широкая DNA-панель с описанным размером территории, фильтрами, germline-подходом и калибровкой.
Что должно быть в отчёте
Числовой TMB, единицы, тест и версия, порог, опухолевая доля, MSI, QC и исключённые варианты.
Что может обсуждать врач
Иммунотерапия в узком опухоль-независимом или органоспецифичном сценарии после оценки альтернатив.
Критическое ограничение
TMB не стандартизован между платформами; один порог не одинаково предсказывает пользу во всех опухолях.
41Солидные опухоли с RET-слияниемRET fusionВысокая для подтверждённого слияния+
Что ищут
Онкогенное RET-слияние с сохранённым киназным доменом; активирующая RET-мутация — другая биологическая связка.
Материал и метод
Опухолевая ткань; плазма допустима для валидированного теста. RNA-NGS предпочтителен для экспрессируемых слияний; DNA-NGS может требовать RNA-рефлекса.
Что должно быть в отчёте
Название слияния, партнёр и точки разрыва если определяются, рамка, киназный домен, поддерживающие чтения и QC.
Что может обсуждать врач
RET-направленная терапия в определённом опухоль-независимом или органоспецифичном показании.
Критическое ограничение
RET-амплификация, VUS или повышенная экспрессия не эквивалентны подтверждённому функциональному слиянию.
42Отдельные солидные опухоли с BRAF p.V600EBRAF p.V600EВысокая, но с органоспецифичными исключениями+
Что ищут
Точная активирующая замена p.V600E в опухоли, для которой существует соответствующая клиническая связка.
Материал и метод
Опухолевая ткань или валидированная плазма. PCR/NGS с точным аллельным различением и достаточным LoD.
Что должно быть в отчёте
HGVS, VAF, опухолевая доля, диагноз, QC и исключения из опухоль-независимого показания.
Что может обсуждать врач
BRAF/MEK-направленная комбинация в установленном опухоль-независимом или органоспецифичном сценарии.
Критическое ограничение
Некоторые опухоли требуют иной комбинации или исключены; не-V600 варианты не входят в эту связку.
43Гемобластозы и другие состояния, где применяются тиопуриныTPMT · NUDT15Клиническая фармакогенетика+
Что ищут
Герминальные аллели сниженной или отсутствующей функции с переводом в метаболизаторный фенотип.
Материал и метод
Кровь/буккальный образец; для TPMT возможен отдельный фенотипический анализ по локальному протоколу. Валидированный генотип с достаточным популяционным охватом и корректным определением гаплотипа.
Что должно быть в отчёте
Диплотип каждого гена, функция аллелей, метаболизаторный фенотип, ограничения и клиницист-ориентированная рекомендация.
Что может обсуждать врач
Врач корректирует стартовую стратегию и интенсивность мониторинга по протоколу; самостоятельная смена дозы недопустима.
Критическое ограничение
Генотип не объясняет всю миелотоксичность; лечение требует лабораторного мониторинга независимо от результата.
02 / ПАСПОРТ ОТЧЁТА
Шесть блоков, без которых «NGS 500 генов» почти ничего не гарантирует.
Пациент и образец
Диагноз, орган, стадия, дата и участок биопсии, FFPE/цитология/плазма, опухолевая доля и давность материала.
Метод и границы
Панель и версия, DNA/RNA, покрытые экзоны/интроны, SNV/indel/CNV/fusions/MSI/TMB/HRD, LoD и неанализируемые зоны.
Качество конкретного запуска
Средняя и минимальная глубина, доля покрытых целей, QC, дубликаты, контаминация, причина QNS или неинформативного результата.
Точное описание
HGVS и сборка генома, VAF, копийность, название слияния и партнёры/точки разрыва — если метод их определяет; MSI/TMB/HRD с единицами, порогом и версией алгоритма.
Клинический уровень
AMP/ASCO/CAP tier и/или ESCAT, опухоль и стадия, регулятор/страна, дата проверки, устойчивость и возможные исследования.
Безопасный вывод
Главные находки и отрицательные ограничения, возможная герминальная природа, необходимость подтверждения и обсуждения на молекулярном консилиуме.
03 / НАСЛЕДСТВЕННЫЙ РИСК
Сильные синдромы — не «панель онкогенов вообще».
Показания определяются личным и семейным анамнезом, гистологией и иногда опухолевым скринингом. Отрицательная панель не обнуляет клинический риск.
Наследственный рак молочной железы/яичников и связанный спектр
Ранний возраст, множественные первичные опухоли, рак яичников, мужской рак молочной железы, семейный кластер
Синдром Линча
dMMR/MSI-H, колоректальный или эндометриальный рак, семейный спектр
Аденоматозный полипоз
Множественные аденомы; доминантное и рецессивное наследование различаются
Синдром Ли—Фраумени
Очень ранние и множественные опухоли характерного спектра
Наследственный диффузный рак желудка
Диффузная гистология желудка и/или дольковый рак молочной железы
Гамартомные опухолевые синдромы
Полипы, кожно-слизистые признаки, макроцефалия или характерная пигментация
MEN2
Медуллярный рак щитовидной железы, феохромоцитома, семейный анамнез
04 / КОНСИЛИУМ
Как находка проходит до клинического решения.
- 1
Подтвердить биологиюПравильная опухоль, материал, вариант и функциональный класс.
- 2
Оценить доказательстваТо же показание, стадия и линия; ESCAT/AMP tier; свежая регуляторная проверка.
- 3
Сверить пациентаМорфология, предшествующая терапия, функции органов, взаимодействия, предпочтения.
- 4
Зафиксировать решениеРекомендация команды с участием онколога и молекулярного патолога, альтернативы, неопределённость, дата и план мониторинга.
05 / ОПОРНЫЕ ИСТОЧНИКИ
Регуляторный статус проверяют заново в день решения.
ESMO NGS recommendations 2024↗ESMO genomic reporting recommendations 2024↗AMP/ASCO/CAP somatic variant reporting↗ASCO somatic genomic testing PCO↗FDA FoundationOne CDx technical information↗FDA companion diagnostics↗FDA pharmacogenomic biomarkers↗EMA personalised oncology↗ГРЛС России↗
FDA и EMA приведены как международные регуляторные ориентиры. Для России перед применением проверяются актуальная клиническая рекомендация Минздрава, инструкция и регистрация в ГРЛС. Наличие биомаркера в зарубежной таблице не создаёт автоматического показания в России.