1. PCR и qPCR: точный вопрос
PCR многократно копирует выбранный участок ДНК. Она подходит для известного варианта, небольшого набора мишеней, некоторых инфекционных или повторных последовательностей; qPCR дополнительно измеряет сигнал во времени и может оценивать количество. Сильная сторона — скорость и чувствительность, слабая — метод не исследует то, для чего не поставлена мишень.
2. Sanger: короткая последовательность с высокой точностью
Секвенирование по Сэнгеру читает ограниченный фрагмент и удобно для одного гена, семейного варианта или подтверждения в конкретной зоне. Оно плохо масштабируется на сотни генов, может пропускать низкоуровневый мозаицизм и не заменяет методы для крупных перестроек или сложных повторов.
3. SNP-чип и хромосомный микроматричный анализ
Генотипирующий SNP-чип проверяет заранее выбранные распространённые позиции и широко используется в DTC-продуктах и исследованиях. Клинический CMA ищет потери и добавления участков генома и иногда участки гомозиготности. Ни один из них не равен секвенированию: неизвестный редкий вариант между зондами может остаться невидимым.
4. NGS-панель: глубоко, но в выбранных границах
Панель одновременно читает десятки или сотни генов, часто с высокой глубиной, что полезно для наследственных заболеваний и опухолей. Но перечень генов, экзонов, интронных границ и алгоритмов CNV/слияний различается. Название панели не говорит о её покрытии — нужна техническая спецификация.
5. Экзом и геном: шире, но не всевидяще
WES преимущественно анализирует белок-кодирующие участки, а WGS — кодирующие и некодирующие области. Геном обычно равномернее и лучше для части структурных вариантов, но оба метода имеют трудные зоны, зависят от покрытия и биоинформатики и могут не увидеть экспансии, метилирование или мозаицизм без специального анализа.
6. RNA, FISH, MLPA и кариотип отвечают на другие вопросы
RNA-секвенирование показывает экспрессию и помогает выявлять слияния или влияние на сплайсинг. FISH визуализирует выбранные перестройки и отдельные амплификационные/копийностные паттерны, MLPA измеряет делеции/дупликации заданных участков, кариотип видит крупные хромосомные изменения. Эти методы не устарели: они дополняют DNA-NGS там, где его физика и дизайн ограничены.
7. Метилирование, длинные повторы и long-read
Импринтинговые нарушения и некоторые опухолевые классификаторы требуют анализа метилирования. Болезни с повторными экспансиями нуждаются в repeat-primed PCR, Southern blot или специализированном анализе. Long-read sequencing может разрешать повторы, фазу и структурные варианты, но его клиническая доступность и валидация зависят от задачи.
8. Результат определяется всей лабораторной цепочкой
Важны материал, транспортировка, извлечение, глубина, минимальная аллельная доля, контрольные образцы, версия референсного генома, классификация и подтверждение. Сравнивать тесты нужно по клиническому назначению и классу вариантов, а не по максимальному числу генов в рекламе.